Les indemnités de rupture se déterminent en principe en fonction d’un salaire mensuel de référence calculé sur une période antérieure à la rupture du contrat de travail. Mais lorsque le salarié a été en arrêt de travail sur tout ou partie de la période de référence, cela peut conduire à retenir un salaire de référence moindre que si le salarié n'avait pas été malade.
Prenant en compte le principe d'interdiction des discriminations liées à l'état de santé (c. trav. art. L. 1132-1), la jurisprudence a jugé que lorsqu'un salarié était en arrêt maladie au moment de son licenciement, le salaire de référence pris en compte pour le calcul de l’indemnité légale ou conventionnelle de licenciement était, selon la formule la plus avantageuse pour le salarié, celui des 12 ou des 3 derniers mois précédant l’arrêt maladie (cass. soc. 23 mai 2017, n° 15-22223, BC V n° 90 ; voir « Rupture du contrat de travail », RF 1148, § 259).