Dans l'hypothèse où l'employeur opérerait le prélèvement sans le reverser à l'administration, des clarifications seront les bienvenues afin de protéger le salarié de bonne foi de toutes poursuites.
Par ailleurs, pour les salariés impatriés qui bénéficient de l'exonération de la fraction de leur rémunération afférente à leur activité exercée à l'étranger (CGI art. 155 B, III ; voir « Impôt sur le revenu », RF 1072, § 2309), le calcul de la rémunération exonérée est effectué, en pratique, à la fin de l'année, afin de veiller au respect de certains plafonds. Demain, avec le prélèvement à la source, la question est de savoir si ce calcul sera fait en paye par l'employeur, sur une base annuelle estimative, avec régularisation en fin d'année, ou bien si ces calculs interviendront toujours avec la déclaration annuelle des revenus.
Enfin, en pratique, il est probable que le raisonnement en « net » change la donne en matière de négociations sur les salaires. En outre, les réfractaires au nouveau dispositif ont fait part de leur crainte de voir les relations de travail altérées, du fait de la suspicion entourant l'utilisation, par l'employeur, d'informations confidentielles.