Pour les enquêtes menées en ligne, les agents des finances publiques doivent avoir au moins le grade de contrôleur des finances publiques et être spécialement habilités. Les habilitations sont délivrées par le directeur chargé, selon le cas, de la direction régionale ou départementale des finances publiques, du service à compétence nationale ou de la direction spécialisée de contrôle fiscal dans lequel l'agent de catégorie A ou B est affecté. Sauf cas particulier des agents affectés à la DNEF, l'habilitation peut également être délivrée par un cadre du même service qui soit détient au moins le grade d'administrateur des finances publiques adjoint, soit est d'un niveau équivalent. Elle prend fin de plein droit en cas d'affectation de son bénéficiaire à un emploi sans lien avec la recherche ou la constatation des manquements mentionnés ci-dessus ou dans une autre direction (ou un autre service) à compétence nationale que celle au sein de laquelle l'habilitation a été délivrée.
Elle peut à tout moment être retirée ou suspendue.
Les agents affectés à la Direction nationale d'enquêtes fiscales (DNEF) peuvent participer à des échanges électroniques. Leur habilitation est délivrée par le directeur de cette Direction ou par son adjoint.